Die Geschichte der Schützenkompanie St. Margarethen reicht bis ins Jahr 1796 zurück, dem ersten urkundlichen Hinweis auf die Einheit. Belegt ist zudem ihre Beteiligung an den Freiheitskämpfen von 1809 durch eine Inschrift auf einem Marterl beim Axdorf in Gallzein. Dort wird von einem Kometer aus Koglmoos berichtet, der gegen die Bayern und Franzosen gefallen sein soll. Im Zusammenhang mit diesen Kämpfen wurden auch die Kirche von St. Margarethen sowie weitere 54 Gebäude gebrandschatzt; ein weiterer Brand führte in späteren Jahren zur Vernichtung kirchlicher Aufzeichnungen aus jener Zeit.

Die älteste Kirchenbucheintragung über Ausrückungen der Schützenkompanie und der Musikkapelle zu Bittprozessionen stammt aus dem Jahr 1842. Aus dieser Epoche stammen außerdem die Originalbilder der heute getragenen Schützenfahne. Ein Bild aus dem Jahr 1848 belegt zudem, dass die damalige Kompanie den alten Schießstand in St. Margarethen betreute.

Seit 2015 führt Hauptmann Andreas Partl die Kompanie und seit 2024 steht Albert Brunner als Obmann dem Verein vor.